Родился 10[O.S. 1883 год]маяа в городе Либаве (ныне Лиепая, Латвия) в семье выходца из Белоруссии (который в этом городе оказался в поисках работы[4]). Его отец был отставным солдатом, происходил из безземельных белорусских крестьян[3], работал столяром. До военной службы он носил фамилию Ильин, а фамилия Фёдоров появилась в результате ошибки армейского писаря, записавшего Михаила Фёдоровича — Михаилом Фёдоровым. Отец рано умер, и маленький Янка (Иван) вместе с матерью переехал на её родину — в основанную русскими переселенцами в 1900 году деревню Лебенишки (бывшей Ковенской губернии). Они жили в бедности, и только благодаря стараниям матери, которая во что бы то ни стало мечтала дать образование сыну, в 1895 году он закончил начальную школу, а в 1899 году — Ковенское ремесленное училище. После училища он поступил в Поневежскую учительскую семинарию. В конце 1902 года его исключили из последнего, выпускного класса — за вольнодумство и «за сомнения в религии». Тем не менее, в 1903 году он всё же получил удостоверение учителя начальной школы, сдав экстерном экзамены за семинарский курс[5].